Day01、数据分析如何处理TCGA数据

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Day01、数据分析如何处理TCGA数据

#设置工作目录

setwd("xena")

#install.packages("tidyverse")

library(tidyverse)##每次重新打开R，都要重新打开Rlibrary一下

#xena官网下载相应数据

#https://xenabrowser.net/datapages/

##阅读文件

#读取tsv文件

counts1 = read.table(file = 'TCGA-LIHC.htseq_counts.tsv', sep = '\t', header = TRUE)

rownames(counts1) <- counts1[,1] #Alt <-

x <- counts1[,1:3]

counts1 = counts1[-1]#去掉第一列

#substr函数

substr("wanglihong&#34；，1，4)#截取列名字符串第1至4个字母，返回结果：wang

#table函数

table(substr(colnames(counts1、14、16)#table是分组运算

#c("01A","11A") #01a代表肿瘤组，11A代表正常组

#%in%符号用于判断是否属于(判断符号前面的东西是否属于符号后面的东西)

counts1 <- counts1[,substr(colnames(counts1),14,16)%in% c("01A","11A")]

table(substr(colnames(counts1),14,16))

#保留行名前15位

rownames(counts1) <- substr(rownames(counts1),1,15)

#ceiling表示向上取整数

ceiling(1.2)

ceiling(3.8)

counts <- ceiling(2^(counts1)-1)#可以看TCGA官网关于数据的处理方法：log2(x 1)=counts1

##文件输出

#输出为文本

write.table(counts,"counts.txt",sep = "\t",row.names = T,col.names = NA,quote = F)

#输出为表格

write.csv(counts, file = "counts.csv")

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